Why did Yonah run away?

Here is one explanation.

But see Midrash Yonah:

ולמה ברח יונה שפעם ראשונה קודם לכן שלחו הק"בה להשיב את בני ישראל ועמרו דבריו והשיב את נכול ישראל מלבא חטת ער ים הערבה כרכר ה' אשר רכרביד עבדו יונה בן אמיתי אשר מגרוה חפר. פעם שני"שלחו לירושלים להחריבה וכשעשו ישראל חשוכה עשה הק"בה כרוב רחמיו וניהם על הרעה ולא החריבהו היו ישראל קוראים אותו נביא שקר . פעם שלישית שלחו לנינוה דן יונה דין בעצמו ואמר לא דיו שישראל קורין אותי נביא שקר אף אומות והעולם קורין אותי נביא שקר.

Cf.:

Hal smiled. 'At Bury, then, sure enough, I met my enemyBenedetto. He had painted a picture in plaster on the south wall ofthe Refectory - a noble place for a noble thing - a picture of Jonah.'

'Ah! Jonah an' his whale. I've never been as far as Bury. You'veworked about a lot,' said Mr Springett, with his eyes on the carter below.

'No. Not the whale. This was a picture of Jonah and thepompion that withered. But all that Benedetto had shown was a peevish grey-beard huggled up in angle-edged drapery beneath apompion on a wooden trellis. This last, being a dead thing, he'd drawn it as 'twere to the life. But fierce old Jonah, bared in the sun, angry even to death that his cold prophecy was disproven -Jonah, ashamed, and already hearing the children of Nineveh running to mock him - ah, that was what Benedetto had not drawn!'

R. Kipling - Rewards and Fairies